【目的】分析受樟子松枯梢病侵染的无症状和有症状樟子松不同部位的内生真菌多样性和群落结构，以期为筛选有效的内生拮抗菌并防治樟子松枯梢病提供科学依据。【方法】利用分离培养和高通量测序技术，对无症状和有症状樟子松的针叶、嫩梢、韧皮部（胸径处）3个部位内生真菌群落的多样性和结构进行了比较和分析，并筛选了嫩梢处丰度有显著差异的内生菌。【结果】（1）分别在无症状和有症状樟子松中分离到233株和360株内生真菌，分离率最高的均是Diplodia sapinea。此外，Hormonema sp.在无症状樟子松上分离率较高，但在有症状樟子松上分离率较低，且仅在有症状樟子松的嫩梢处分离到。（2）扩增子测序结果显示：无症状和有症状樟子松中内生真菌的α多样性无显著差异，但无症状和有症状樟子松的不同部位内生真菌群落结构存在差异。（3）对扩增子数据进行线性判别分析发现：Hormonema属真菌在无症状樟子松嫩梢中丰度最高，而Diplodia属真菌在有症状樟子松的嫩梢中丰度最高。（4）真菌营养型分类也证实无症状樟子松的3个部位中均是腐生菌的相对丰度最高，而有症状樟子松的韧皮部的植物病原菌的相对丰度较无症状显著增多。【结论】无症状和有症状樟子松中内生真菌的多样性无显著差异，但其不同部位内生真菌群落结构存在显著差异。下一步将进行拮抗试验以评估无症状樟子松嫩梢部位中显著富集的真菌Hormonema属真菌作为生防菌的潜力。